Workshop Bash 2024
Información general
El contenido de este curso se realizó en base al material realizado por Software Carpentry y RSG Ecuador. La literatura adicional se especifica en cada tema de forma pertinente.
- Fechas: 10 y 11 diciembre 2024
- Duración del curso: 10 horas
- Horario: 9 am a 4:30 pm
Este curso se encuentra registrado en The Carpentries bajo el nombre de Curso de Unix Shell.
Instructores:
- Evelia Lorena Coss-Navarrete - PostDoc, LIIGH-UNAM. Pagina web
- Aaron Espinosa Jaime - Estudiante de maestria, Cinvestav-LANGEBIO.
- Andrés Arredondo - Ciencias Agrogenómicas, CCM-UNAM.
Ayudantes:
- Daniel Chávez - Profesor invitado, UAGro.
- Camilo Pérez - Estudiante de doctorado, Cinvestav-LANGEBIO.
- Abel Lovaco Flores - Estudiante de maestria, Cinvestav-Irapuato.
- Israel Aguilar - Posdoc, Tec de Monterrey.
- Mariana Devon - Estudiante de maestría, UAM.
- Andrés Arredondo - Ciencias Agrogenómicas, CCM-UNAM.
Resumen:
Este tutorial te enseñará los conceptos fundamentales en el empleo y manejo de Bash Shell, incluyendo la creación de scripts de Bash, generación de programas con funcionalidades sencillas aplicables a bioinformática y a programación en general.
Objetivos:
En esta guía rápida aprenderás a:
- Mis primeros pasos en bash.
- Consultar información sobre archivos y directorios.
- Permisos y como cambiarlos.
- Información general sobre el Análisis de datos de RNA-Seq
- Wildcards y Streams
- Operadores de redirección de datos I/O
- Edición de archivos con los editores de texto y con
sed - Buenas prácticas
- Generación de ligas simbólicas a archivos y orden en directorios
- Filtrado de texto (grep, cut, sort, uniq, wc)
- Condicionales y bucles (for loops)
- Crear un script en Bash.
Citar y reutilizar el material del curso
Los datos del curso se pueden reutilizar y adaptar libremente con la debida atribución. Todos los datos de los cursos de estos repositorios están sujetos a la licencia Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0).
Debes tener contar con una computadora con acceso a internet.
Te proporcionaremos una cuenta a BetterLab para tener acceso a la terminal de Bash Shell.
Tema Tiempo Instructor Dia 1 (10 diciembre 2024) 🔷 Sección 1 - (9:00 - 12:00 h) 10 min Evelia Coss - Conceptos Unix y GNU/Linux
10 min Evelia Coss - Mis primeros pasos en Bash
10 min Andrés Arredondo - Uso de BetterLab
10 min Andrés Arredondo - Ejercicio 1. Ubicación en repositorios
5 min - Consultar información sobre archivos y directorios
10 min Andrés Arredondo - Comprimir y descomprimir archivos
5 min Andrés Arredondo - Ejercicio 2. Descomprimir archivos
5 min ☕ Coffee break (20 min) - (10:30-10:50) ☕ 20 min 🔷 Sección 2 - (10:50 - 12:00 h) - Análisis de datos de RNA-Seq
20 min Aaron Espinosa - Ejercicio 3. Manejando datos
10 min Aaron Espinosa - Wildcards y Streams
10 min Aaron Espinosa - Ejercicio 4. Wildcard
10 min Aaron Espinosa - Operadores de redirección de datos I/O
10 min Aaron Espinosa - Ejercicio 5. Redirección de salidas
10 min 🍕Comida (1h 30min) - (12:00-13:30) 🍕 🔷 Sección 3 - (13:30 - 14:20 h) - Edición de archivos con los editores de texto (nano y vim)
10 min Aaron Espinosa - Ejercicio 6: Edición de archivos
10 min - Edición de archivos con el editor de flujo
sed
15 min Aaron Espinosa - Ejercicio 7: Empleo de sed
10 min ☕ Coffee break (10 min) - (14:20-14:30) ☕ 10 min 🔷 Sección 4 - (14:30 - 16:30 h) - Buenas prácticas
15 min Evelia Coss - Enlaces simbólicos (symlinks) y orden en directorios
15 min Evelia Coss - Filtrado de texto (
grep, cut, sort, uniq, wc)
20 min Evelia Coss - Ejercicio 8: Filtrado de archivos
20 min Dia 2 (11 diciembre 2024) 🔷 Sección 5 - (9:00 - 10:30 h) - Condicionales
10 min Aaron Espinosa - Ejercicio 9. Condicionales
10 min - Scripts en Bash
30 min Aaron Espinosa ☕ Coffee break (20 min) - (10:30-10:50) ☕ 🔷 Sección 6 - (10:50 - 12:00 h) - Bucles (for loops)
15 min Aaron Espinosa - Ejercicio 10. for loops
10 min - Repaso y Ejercicio 12: En parejas
35 min Aaron Espinosa 🍕Comida (1h 30min) - (12:00-13:30) 🍕 10 min Evelia Coss y Aaron Espinosa - Ejercicios en equipo de 3 personas
40 min Evelia Coss y Aaron Espinosa - Presentacion del analisis (10 min por equipo)
10 min ☕ Coffee break (10 min) - (14:20-14:30) ☕ - Presentacion del analisis (10 min por equipo)
2 h