12  Condicionales

Las condicionales son estructuras de programación que nos permiten tomar decisiones basadas en el resultado de una expresión. En otras palabras, nos permiten ejecutar diferentes bloques de código dependiendo de si una condición se cumple o no. Los condicionales son fundamentales para automatizar tareas y crear scripts fléxibles.

La sintáxis básica de un condicional simple en formato de una línea es :

if [ condición ]; then orden1; orden2 …; fi

de igual manera pero en bloque identado:

if [ condición ]; then      orden1     orden2  fi
Ejemplo

Si queremos verificar si existe el archivo secuencias1.fastq antes de realizar alguna operación sobre él. Puedes usar el siguiente condicional:

if [ -f secuencias1.fastq ]; then
  echo "El archivo existe."
else
  echo "El archivo no existe."
fi
Explicación
  • if [ -f secuencias1.fastq ]: Verifica si secuencias1.fastq es un archivo regular.
  • then: Si la condición es verdadera, se ejecuta el código siguiente.
  • else: Si la condición es falsa, se ejecuta el código siguiente.
  • fi: Indica el final de la estructura if.

Los condicionales pueden ser tan complejos como lo imagines. Por ejemplo:

for archivo in $file*.fastq; do 
  if [ -f "$archivo" ]; then 
    echo "Procesando archivo: $archivo"
    wc -l "$archivo" 
  else 
    echo "No tienes archivos fastq"
  fi 
done
Explicación del código

En donde:

for archivo in $file*.fastq; do

  • $file*.fastq: Expande a todos los archivos que comienzan con el valor de la variable $file y terminan con la extensión .fastq.

  • archivo: Variable que almacena el nombre de cada archivo encontrado.

echo "Procesando archivo: $archivo"
wc -l "$archivo"

  • echo: Imprime el mensaje indicando que se está procesando el archivo actual.

  • wc -l "$archivo": Cuenta el número de líneas en el archivo usando wc -l y muestra el resultado en la terminal.

else
  echo "No tienes archivos fastq"
fi
  • Si el archivo no existe o no es un archivo regular, muestra un mensaje de error indicando el problema.
done
  • Fin del bucle

12.1 Referencias