Workshop Bash 2024

Author

Evelia Coss y Aaron Espinosa Jaime

Published

December 10, 2024

Información general

  • El contenido de este curso se realizó en base al material realizado por Software Carpentry y RSG Ecuador. La literatura adicional se especifica en cada tema de forma pertinente.

    • Fechas: 10 y 11 diciembre 2024
    • Duración del curso: 10 horas
    • Horario: 9 am a 4:30 pm

    Este curso se encuentra registrado en The Carpentries bajo el nombre de Curso de Unix Shell.

    Instructores:

    • Evelia Lorena Coss-Navarrete - PostDoc, LIIGH-UNAM. Pagina web
    • Aaron Espinosa Jaime - Estudiante de maestria, Cinvestav-LANGEBIO.
    • Andrés Arredondo - Ciencias Agrogenómicas, CCM-UNAM.

    Ayudantes:

    • Daniel Chávez - Profesor invitado, UAGro.
    • Camilo Pérez - Estudiante de doctorado, Cinvestav-LANGEBIO.
    • Abel Lovaco Flores - Estudiante de maestria, Cinvestav-Irapuato.
    • Israel Aguilar - Posdoc, Tec de Monterrey.
    • Mariana Devon - Estudiante de maestría, UAM.
    • Andrés Arredondo - Ciencias Agrogenómicas, CCM-UNAM.

    Resumen:

    Este tutorial te enseñará los conceptos fundamentales en el empleo y manejo de Bash Shell, incluyendo la creación de scripts de Bash, generación de programas con funcionalidades sencillas aplicables a bioinformática y a programación en general.

    Objetivos:

    En esta guía rápida aprenderás a:

    1. Mis primeros pasos en bash.
    2. Consultar información sobre archivos y directorios.
    3. Permisos y como cambiarlos.
    4. Información general sobre el Análisis de datos de RNA-Seq
    5. Wildcards y Streams
    6. Operadores de redirección de datos I/O
    7. Edición de archivos con los editores de texto y con sed
    8. Buenas prácticas
    9. Generación de ligas simbólicas a archivos y orden en directorios
    10. Filtrado de texto (grep, cut, sort, uniq, wc) 
    11. Condicionales y bucles (for loops)
    12. Crear un script en Bash.

    Citar y reutilizar el material del curso

    Los datos del curso se pueden reutilizar y adaptar libremente con la debida atribución. Todos los datos de los cursos de estos repositorios están sujetos a la licencia Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0).

    • Debes tener contar con una computadora con acceso a internet.

    • Te proporcionaremos una cuenta a BetterLab para tener acceso a la terminal de Bash Shell.

    Tema Tiempo Instructor
    Dia 1 (10 diciembre 2024)
    🔷 Sección 1 - (9:00 - 12:00 h)
    10 min Evelia Coss
    • Conceptos Unix y GNU/Linux
    		 10 min Evelia Coss
    • Mis primeros pasos en Bash
    		 10 min Andrés Arredondo
    • Uso de BetterLab
    		 10 min Andrés Arredondo
    • Ejercicio 1. Ubicación en repositorios
    		 5 min
    • Consultar información sobre archivos y directorios
    		 10 min Andrés Arredondo
    • Comprimir y descomprimir archivos
    		 5 min Andrés Arredondo
    • Ejercicio 2. Descomprimir archivos
    		 5 min
    ☕ Coffee break (20 min) - (10:30-10:50) ☕ 20 min
    🔷  Sección 2 - (10:50 - 12:00 h)
    • Análisis de datos de RNA-Seq
    		 20 min Aaron Espinosa
    • Ejercicio 3. Manejando datos
    		 10 min Aaron Espinosa
    • Wildcards y Streams
    		 10 min Aaron Espinosa
    • Ejercicio 4. Wildcard
    		 10 min Aaron Espinosa
    • Operadores de redirección de datos I/O
    		 10 min Aaron Espinosa
    • Ejercicio 5. Redirección de salidas
    		 10 min
    🍕Comida (1h 30min) - (12:00-13:30) 🍕
    🔷  Sección 3 - (13:30 - 14:20 h)
    • Edición de archivos con los editores de texto (nano y vim)
    		 10 min Aaron Espinosa
    • Ejercicio 6: Edición de archivos
    		 10 min
    • Edición de archivos con el editor de flujo sed
    		 15 min Aaron Espinosa
    • Ejercicio 7: Empleo de sed
    		 10 min
    ☕ Coffee break (10 min) - (14:20-14:30) ☕ 10 min
    🔷  Sección 4 - (14:30 - 16:30 h)
    • Buenas prácticas
    		 15 min Evelia Coss
    • Enlaces simbólicos (symlinks) y orden en directorios
    		 15 min Evelia Coss
    • Filtrado de texto (grep, cut, sort, uniq, wc)
    		 20 min Evelia Coss
    • Ejercicio 8: Filtrado de archivos
    		 20 min
    Dia 2 (11 diciembre 2024)
    🔷  Sección 5 - (9:00 - 10:30 h)
    • Condicionales
    		 10 min Aaron Espinosa
    • Ejercicio 9. Condicionales
    		 10 min
    • Scripts en Bash
    		 30 min Aaron Espinosa
    ☕ Coffee break (20 min) - (10:30-10:50) ☕
    🔷  Sección 6 - (10:50 - 12:00 h)
    • Bucles (for loops)
    		 15 min Aaron Espinosa
    • Ejercicio 10. for loops
    		 10 min
    • Repaso y Ejercicio 12: En parejas
    		 35 min Aaron Espinosa
    🍕Comida (1h 30min) - (12:00-13:30) 🍕
    10 min Evelia Coss y Aaron Espinosa
    • Ejercicios en equipo de 3 personas
    		 40 min Evelia Coss y Aaron Espinosa
    • Presentacion del analisis (10 min por equipo)
    		 10 min
    ☕ Coffee break (10 min) - (14:20-14:30) ☕
    • Presentacion del analisis (10 min por equipo)
    		 2 h