Resumen
Reprohack: Landscape of mobile genetic elements and their antibiotic resistance cargo in prokaryotic genomes
Escrito por: Diana Barceló
Autores: Supriya Khedkar, Georgy Smyshlyaev, Ivica Letunic, Oleksandr M. Maistrenko, Luis Pedro Coelho, Askarbek Orakov, Sofia K. Forslund, Falk Hildebrand, Mechthild Luetge, Thomas S.B. Schmidt, Orsolya Barabas and Peer Bork.
Los Elementos Genéticos Móviles (MGE por sus siglas en inglés) en procariotas, como transposones, integrones, fagos y plásmidos, desempeñan un papel importante en la evolución procariota y en la dispersión de funciones de carga, como la resistencia a los antibióticos. Sin embargo, cada uno de estos tipos de MGE suele anotarse y analizarse individualmente, lo que dificulta una comprensión global de los patrones filogenéticos y ambientales de la dispersión de MGE. En consecuencia, se desarrolló un marco computacional que captura diversos tipos de MGE, sus cargas y los eventos de transferencia horizontal mediados por MGE. Para ello se utilizaron recombinasas como genes marcadores de MGE ubicuos, así como información pangenómica para la estimación de los límites de MGE. Este estudio fue aplicado a aproximadamente 84,000 genomas con anotación de hábitat, mapeando 2,8 millones de recombinasas específicas de MGE a seis tipos operativos de MGE, que juntos contienen, en promedio, el 13% de todos los genes de un genoma. Los elementos transponibles (TE por sus siglas en inglés) predominaron en todos los taxones (∼1.7 millones de ocurrencias), superando en número a los fagos y elementos similares a fagos (<0.4 millones). Se registraron numerosos eventos de transferencia horizontal mediados por MEG en diversos filos y hábitats que involucran todos los tipos de MGE; se aclaró y cuantificó el grado de interacción de MGE (17%) e integrones (63%) con otras categorías de MGE, y se estableció que los MGE son portadores dominantes de genes de resistencia a antibióticos. Todos esos hallazgos se integraron en un recurso (proMGE.embl.de), el cual debería facilitar futuros estudios sobre la gran parte móvil de los genomas y su dispersión horizontal.
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Vamos a ver estos conceptos
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