Reprocesamiento de los datos

A partir de la pagina web de Git proMGE realizamos modificaciones de los scripts para mejorar la documentación de los mismos.

Datos

Modificado por: Evelia Coss

Todos los datos utilizados en este estudio están publicados y a disposición del público, como se indica en la sección de material y métodos del manuscrito.

  • Los datos de todos los genomas procariotas utilizados en el estudio están disponibles en https://progenomes.embl.de/.
  • La información sobre el hábitat está disponible en GMGC.

Flujo de trabajo para la identificación de elementos genéticos móviles (MGEs) en procariotas y análisis de carga genética. (A) Se anotaron cinco familias principales de recombinasas en proGenomes2 usando HMMs a nivel de subfamilia y validación con EggNOG y RefSeq. (B) Se asignaron recombinasas a seis categorías de MGEs y se diferenciaron de recombinasas celulares mediante análisis de límites de pangenomas, asociación con subfamilias y la presencia de genes accesorios específicos. (C) Se presentan ejemplos de MGEs con genes de resistencia a antibióticos (ARG), destacando su novedad en aspectos como diversificación funcional, MGEs anidados, transferencia horizontal de genes entre dominios de vida y nuevas asociaciones de dominios proteicos.

Procesamiento de datos para la Figuras

Los autores nos informan que se realizaron modificacione sobre los inputs para generar las Figuras 2 a 5 empleando codigo de perl. Para mas informacion vista la fuente original del Git.